1999年某個東西被卡車運出了館山市幾天后哥斯拉登陸了館山特生自衛(wèi)隊出動與之展開了苦戰(zhàn)在戰(zhàn)斗中自衛(wèi)隊員家城茜（釈由美子 飾）意外害死了戰(zhàn)友葉山二尉（森末慎二 飾）自己卻僥幸活了下來并被派去了資料科 　　另一方面日本政府在柘植真智子首相（水野久美 飾）的指揮下召集了湯原德光（宅麻伸 飾）等科學家開始研究對付哥斯拉的G兵器他們以在館山?jīng)_挖掘出來的初代哥斯拉骨骼為基礎用了四年制成了機械哥斯拉——3式機龍柘植首相辭職由科學技術廳長官五十嵐隼人（中尾彬 飾）就任新首相同時茜被派去了機龍隊擔任機龍的操作員 　　就在準備機龍測試機動時哥斯拉又在東京灣出現(xiàn)了機龍趕赴現(xiàn)場與哥斯拉對戰(zhàn)卻因哥斯拉的吼聲喚醒了體內(nèi)的野獸靈魂突然暴走在城市中造成了大破壞 　　為了改良機龍湯原改變了機龍DNA計算機的堿構造使機龍不會再受哥斯拉叫聲的干擾...